El desarrollo histórico de esta villa se vio favorecido desde el siglo XV por su situación geográfica, que la convirtió en uno de los puntos del camino hacia Burgos. Por este camino llegó a Limpias en el año 1497 el séquito real que acompañaba a Isabel la Católica y su hija Juana camino de Laredo, donde la princesa se embarcaría hacia Flandes para contraer matrimonio con Felipe de Austria.

Limpias tuvo un importante puerto llamado del Ribero, por el que se exportó gran cantidad de hierro, madera y fruta a Inglaterra y Flandes desde el siglo XVI. Posteriormente, en el siglo XIX se convirtió en puerto emisor del trigo castellano, especialmente hacia América. En la actualidad contrasta la absoluta tranquilidad de sus muelles (sin actividad) con el incesante tráfico que sostuvieron tiempo atrás.

Hoy en día, en las inmediaciones del Ribero se ha ubicado un museo al aire libre con diversos elementos y objetos de navegación, en recuerdo de su importante historia marítima. Limpias posee además una destacada arquitectura civil, fruto de un pasado próspero e hidalgo, que se evidencia en diversas casonas y palacios como la de los condes de Limpias, la de Pereda, la casona torre de Palacio...

La estrecha carretera que atraviesa el centro urbano, con sus casas apiñadas, el viejo colegio de San Vicente de Paúl y la maravillosa ermita de Santa Isabel (confundida entre el paisaje y siempre cubierta de hiedra) constituyen un bello conjunto que merece la pena recorrer. Sin embargo, no es por ello por lo que Limpias ha logrado su prestigio. Su nombre aparece siempre unido a la milagrosa imagen del Santo Cristo de la Agonía, que según cuentan llora, suda y sangra.

El Cristo de Limpias es una imagen de un realismo sobrecogedor. La encontramos en la iglesia parroquial de San Pedro, hasta donde fue traída de Cádiz por un noble natural de la villa. La imagen se haría enormemente popular a partir de 1919, cuando comenzaron a producirse en el Cristo de las Agonías manifestaciones de vida en forma de lágrimas, sudor y sangre. Los testigos fueron innumerables y durante bastante tiempo llegaron a Limpias peregrinaciones de toda España. Aun hoy, continúa suscitando devoción y curiosidad.

En Limpias es costumbre degustar angulas y un delicioso chocolate con picatostes.

Limpias es el lugar ideal para la práctica de remo y piragüismo