Comillas registró sus primeros poblamientos en la Prehistoria, como demuestran las cuevas de La Meaza, con pinturas rupestres paleolíticas de hace 14.000 años. Fueron descubiertas en 1907. También se han hallado en su territorio yacimientos arqueológicos de un castillo medieval en Peñacastillo.

De épocas posteriores y perfectamente integrado en su entorno, el cementerio (ubicado sobre las ruinas de una iglesia del siglo XV) constituye uno de los símbolos más peculiares, presidido por la sobresaliente escultura modernista de Llimona: "El Angel".

La plaza vieja, la iglesia parroquial y algunas casas del centro de la villa son una excelente muestra de arquitectura popular del siglo XVIII. El resto de los edificios notables corresponden a finales del siglo XIX y principios del XX, época en la que Comillas gozó de su máximo esplendor económico y social favorecido por la iniciativa de Antonio López y López, indiano emigrante a Cuba y fundador de la gran compañía naviera "La Trasatlántica". Su poder financiero y su amistad con la Corona le valieron el título de primer marqués de Comillas, título que le otorgó Alfonso XII en 1882.

El impulso que el marqués de Comillas dio a su villa natal llegó a su punto álgido en los veranos de 1881 y 1882, con la presencia de los reyes, la Corte y el Gobierno. El 6 de septiembre de 1981 se llegó a celebrar en la villa un Consejo de Ministros.

En una de estas vacaciones reales, el marqués hizo instalar el primer alumbrado público de España. En la zona de Sobrellano, edificó su palacio -de estilo neogótico-, que fue diseñado por Martorell y Domenech i Muntaner. Junto a éste se encuentra la capilla panteón del mismo estilo, y muy próximo, el palacio modernista del genial arquitecto catalán Antonio Gaudí, denominado "El Capricho". Frente a este conjunto arquitectónico y en el alto de la Cardosa se erige la Universidad Pontificia, de estilo neogótico con influencia mudéjar. Su construcción fue también a expensas de Antonio López y López y se distingue por su monumentalidad y su característico color rojizo. Cuenta además con excelentes artesonados de madera.

Localidad natal de numerosos obispos y arzobispos, a Comillas se la conoce como la "Villa de los Arzobispos". Fue también cuna de otros hombres ilustres como Jesús Cancio, el poeta del mar.

La villa posee una playa de fina arena próxima al puerto pesquero. Por el interés ecológico de su costa, está incluida en el Parque Natural de Oyambre.